À l'exception des aéroports indiqués ci-dessous, tous les vols Flybe sont assurés depuis le terminal principal.
| Aéroport | Terminal de départ | Terminal d'arrivée | ||
| Alicante (ALC) | Terminal 1 | Terminal 1 | ||
| Bordeaux (BOD) | Terminal B | Terminal B | ||
| Dublin (DUB) | Terminal 1 | Terminal 1 | ||
| Francfort (FRA) | Terminal 2 | Terminal 2 | ||
| Glasgow (GLA) | Terminal M | Terminal M | ||
| Genève (GVA) | Terminal M | Terminal M | ||
| Hambourg (HAM) | Terminal 1 | Terminal 1 | ||
| Londres Gatwick (LGW) | Terminal S (sud) | Terminal S (sud) | ||
| Malaga (AGP) | Terminal 3 | Terminal 2 | ||
| Manchester (MAN) | Terminal 3 | Terminal 3 | ||
| Milan Malpensa (MXP) | Terminal 1 | Terminal 1 | ||
| Nice Côte d'Azur (NCE) | Terminal 1 | Terminal 1 | ||
| Paris Charles de Gaulle (CDG) | Terminal 2E | Terminal 2E | ||
| Paris Orly (ORY) | Terminal Ouest | Terminal Ouest | ||
| Stuttgart (STR) | Terminal 3 | Terminal 1 | ||